・チコリータ、ヒノアラシ、ワニノコなど『ポケットモンスター 金・銀』の舞台である「ジョウト地方」のポケモンたちが新たに80種類以上登場。

・今まで捕まえたポケモンも含めて、ポケモンの性別がわかるようになる。ポケモンの中にはオスとメスで姿が違うポケモンもいる。

・これまでに登場していたポケモンの中から、さらに進化するポケモンが登場。進化のためには特別な「どうぐ」が必要となり、その「どうぐ」はポケストップから入手できることがある。

・モンスターボールを投げる際、一部のポケモンがいままでとは少し違った動きを見せるようになる。

・新しくボタンが追加され、モンスターボールの切り替えや「きのみ」の使用がスムーズになる。

・「きのみ」が2種類追加される。（「ナナのみ」と「パイルのみ」）
「ナナのみ」を使うとポケモンの動きが遅くなるのでモンスターボールを当てやすくなり、「パイルのみ」を使うとそのポケモンを捕まえたときに得られる「ポケモンのアメ」の数が2倍になる。

・トレーナーの新しい着せ替えアイテムが追加される。帽子・シャツ・パンツ・靴・バッグに加えて、メガネやベルトなど、今まで着替えることができなかった部分も変更できるようになる。